Sabemos que o MEI e MEI Caminhoneiro já pagam um valor fixo mensal de ICMS dentro da guia DAS, que abrange a maioria de suas operações, porém nem todas.

Quando o transporte inicia no estado onde a sua transportadora é inscrita seu ICMS é pago na guia DAS, porém quando o transporte inicia fora do seu estado ele está obrigado a recolher o ICMS antecipadamente para o estado de início da prestação do serviço.

O cálculo deste ICMS é feito normalmente assim como as demais transportadoras, observando o valor do serviço multiplicado pela alíquota interna ou interestadual conforme o caso.

Porém é importante observar que muitas vezes este ICMS é devido por substituição tributária pelo remetente ou tomador se este for contribuinte inscrito no estado onde o ICMS é devido, então sempre confirme se o imposto não vai ser recolhido por ele.

E quando o MEI ou MEI Caminhoneiro COMPRA mercadorias destinadas a seu uso/consumo ou ativo imobilizado ele também está obrigado a recolher o ICMS diferencial de alíquotas, calculado com base no valor da mercadoria adquirida, aplicando sobre ele a diferença entre a alíquota de ICMS interestadual e a alíquota interna do produto.

Fonte: @leilafuchter